Rok założenia Wydziału: 1397
Wydział Teologiczny PAT w Krakowie, kontynuator Wydziału Teologicznego Akademii Krakowskiej i Uniwersytetu Jagiellońskiego, ma prawo nadawania stopni naukowych doktora i doktora habilitowanego nauk teologicznych.
Strukturę Wydziału Teologicznego tworzą katedry będące jednostkami organizacyjnymi pracy naukowej i dydaktyczno-wychowawczej. Istnieje 29 katedr. Zespół katedr tworzy określoną specjalizację badawczą o właściwym dla niej przedmiocie badawczym i dydaktycznym. Istnieją następujące specjalizacje:
I. Specjalizacja biblijna (5 katedr):
1. Katedra egzegezy Starego Testamentu
2. Katedra egzegezy Nowego Testamentu
3. Katedra teologii i informatyki biblijnej
4. Katedra teologii biblijnej
5. Katedra hermeneutyki biblijnej i judaistyki
II. Specjalizacja teologii fundamentalnej (2 katedry):
6. Katedra chrystologii
7. Katedra eklezjologii
III. Specjalizacja teologii dogmatycznej (6 katedr):
8. Katedra patrologii
9. Katedra historii dogmatu
10. Katedra teologii dogmatycznej
11. Katedra antropologii teologicznej
12. Katedra mariologii
13. Katedra ekumenizmu
14. Katedra misjologii
IV. Specjalizacja teologii moralnej (2 katedry):
15. Katedra teologii moralnej ogólnej
16. Katedra teologii moralnej szczegółowej
V. Specjalizacja teologii duchowości (2 katedry):
17. Katedra teologii duchowości
18. Katedra historii duchowości
VI. Specjalizacja teologii praktycznej (3 katedry):
19. Katedra teologii pastoralnej ogólnej
20. Katedra teologii pastoralnej szczegółowej
21. Katedra katechetyki
VII. Specjalizacja liturgiczna (4 katedry):
22. Katedra teologii liturgii
23. Katedra historii liturgii
24. Katedra homiletyki
25. Katedra komunikacji religijnej
VIII. Specjalizacja kanonistyczna (4 katedry)
26.Katedra ustroju i prawa osobowego Kościoła
27.Katedra historii prawa kanonicznego
28.Katedra kościelnego prawa procesowo - karnego
29.Katedra prawa małżeńskiego
W ramach Wydziału Teologicznego funkcjonują:
Międzyzakonny Wyższy Instytut Katechetyczny
Instytut Liturgiczny (podyplomowy)
Instytut Prawa Kanonicznego (podyplomowy)
Instytut Teologii Duchowości
Instytut Teologii Rodziny
Ośrodek Studiów Franciszkańskich
