W listopadzie 1999 roku Wydział Teologiczny PAT w Krakowie podjął starania o uzyskanie oceny jakości kształcenia na kierunku teologia. W dniu 23 maja 2000 roku Konferencja Rektorów Uniwersytetów Polskich na wniosek Uniwersyteckiej Komisji Akredytacyjnej podjęła uchwałę przyznającą kierunkowi teologia prowadzonemu w Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie akredytację na 5 lat i wręczyła certyfikat jakości kształcenia nr 32/2000. Akredytacja została przedłużona na kolejne 5 lat uchwałą z dnia 21 czerwca 2005 roku (certyfikat nr 6/2005).
Dobrze rozwijająca się współpraca Wydziału Teologicznego z Instytutem Teologicznym w Tarnowie umożliwiła powołanie, decyzją Senatu PAT z dnia 8 listopada 1999 roku, nowego Wydziału Teologicznego w Tarnowie.
Zgodnie z wielowiekową tradycją Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego Wydział Teologiczny PAT współpracuje z wieloma ośrodkami naukowymi. Na terenie Krakowa współpraca ta dotyczy przede wszystkim Uniwersytetu Jagiellońskiego, uczelni kościelnych i świeckich. Polega ona na wymianie profesorów i studentów (studenci Uniwersytetu Jagiellońskiego często korzystają z wykładów prowadzonych na Wydziale Teologicznym, dotyczy to głównie religiologii; podobnie studenci Wydziału Teologicznego korzystają z wykładów monograficznych Uniwersytetu Jagiellońskiego), organizowaniu wspólnych przedsięwzięć o charakterze naukowym i dydaktycznym. W wymiarze ogólnokrajowym Wydział rozwija współpracę naukową, badawczą i wydawniczą z wszystkimi kościelnymi uczelniami Polski organizując kongresy, sympozja i sesje naukowe. W miarę możliwości współpraca ta dotyczy również kościelnych i państwowych uczelni naukowych w kraju i za granicą.
Wydział Teologiczny jest członkiem Międzynarodowej Federacji Uniwersytetów Katolickich (FIUC). Razem z Uniwersytetem Jagiellońskim Wydział uczestniczył w realizacji programu TEMPUS (JEP 09639/95) Student Mobility for the Study of Religious Interaction Christianity " Judaism " Islam. Do chwili zakończenia tego programu w końcu roku 1998 z możliwości wymiany studenckiej skorzystało odpowiednio z ramienia Wydziału 14 osób (na Uniwersytecie w Heidelbergu i w Udine) oraz 4 osoby z ramienia innych uczelni zagranicznych uczestniczących w realizacji programu, które przez dwa semestry studiowały na Wydziale Teologicznym PAT w Krakowie. Aktualnie trwają rozmowy i konsultacje w zakresie nawiązania bliższej współpracy w ramach programu SOKRATES.
Wydział rozwija kontakty naukowe z zagranicznymi uczelniami katolickimi. Chodzi przede wszystkim o Wydział Teologii Katolickiej na Ruhr-Universität Bochum (Niemcy), a współpraca dotyczy corocznej wymiany profesorów i studentów. Płaszczyzną dialogu są współczesne poszukiwania filozoficzno-teologiczne i wzajemne doświadczenia chrześcijaństwa wpisanego w odmienne kultury. Celem zaś jest wzajemne poznanie i dzielenie się dziedzictwem własnej kultury i nauki, szukanie jedności w duchu uniwersalizmu Kościoła i powszechnej integracji europejskiej. Regularnie odbywa się wymiana profesorów z wykładami (z RUB przyjeżdżają do Krakowa w maju, a z PAT wyjeżdżają do Bochum w jesieni). Była też podejmowana współpraca wydawnicza. Wzajemne kontakty trwają już od 25 lat.
W 1999 roku podpisano umowę o współpracy między Papieską Akademią Teologiczną w Krakowie a Uniwersytetem Teologii Katolickiej w Budapeszcie.
Na wniosek Rady Wydziału Teologicznego PAT doktoraty honoris causa otrzymali: ks. prof. dr hab. Hermann-Joseph Pottmeyer z Ruhr-Universität Bochum, kard. Miloslav Vlk z Pragi, kard. Audrys Jozausas Bačkis z Wilna i Hanna Suchocka, Ambasador RP przy Stolicy Świętej.
Wydział prowadzi działalność wydawniczą. Aby uzyskać promocję doktorską wymagane jest wydanie całej, bądź opublikowanie ekstraktu rozprawy doktorskiej w wymiarze minimum 50 stron i nakładzie 100 egzemplarzy. Czasopismem Wydziału Teologicznego jest Polonia Sacra, ukazujące się dwa razy w roku.
Wydział Teologiczny UPJPII w Krakowie jest szeroko otwarty na współpracę zagraniczną, głównie z ośrodkami kształcenia teologicznego na Ukrainie i Słowacji. Pracownicy naukowi Wydziału dojeżdżają z regularnymi wykładami do Lwowa i Gródka na Podolu. Biorą także udział w spotkaniach naukowych na Uniwersytetach w Prešowie, Rużomberoku i Nitrze na Słowacji. Na Wydziale kształcą się studenci z Ukrainy, Słowacji i Białorusi.
Liczbowa charakterystyka Wydziału Teologicznego
Kadra
Profesorowie tytularni: 10
Profesorowie UPJPII: 10
Doktorzy habilitowani: 8
Doktorzy: 43
Pozostali: 1
Studenci (wg danych GUS za rok 2009)
Studia stacjonarne: 896
Studia doktoranckie: 243
Badania naukowe i współpraca zagraniczna
Zarówno poszczególne katedry jak i specjalizacje, każdego roku organizują sympozja i sesje naukowe, w których uczestniczą teologowie tak z Polski, jak i ze świata. Ich celem jest rozwój nauk teologicznych, poszukiwanie nowych interpretacji i uzasadnień dla twierdzeń z zakresu doktryny wiary, szukanie odpowiedzi na aktualne wyzwania. Wielkim zainteresowaniem cieszą się np. sesje z zakresu ekumenizmu, teologii liturgii, teologii fundamentalnej, teologii moralnej, ekologii, roli i miejsca Kościoła we współczesnym świecie.
