Międzywydziałowe jednostki organizacyjne Uniwersytetu prowadzą działalność dydaktyczno-naukową w ramach współpracy różnych wydziałów. Międzywydziałowy Instytut Ekumenii i Dialogu powstał w celu ułatwienia otwarcia Uczelni na postulowany przez Magisterium dialog ekumeniczny i międzyreligijny. Międzywydziałowy Instytut Bioetyki prowadzi badania etyczne nad medycznymi i pozamedycznymi ingerencjami w życie ludzkie. Międzywydziałowe Studium Języków Obcych realizuje proces nauczania języków nowożytnych i starożytnych. Międzywydziałowe Studium Wychowania Fizycznego dba o kulturę fizyczną studentów. Ośrodek Badań nad Myślą Jana Pawła II ma za zadanie prezentować i rozwijać filozofię i teologię Papieża Polaka.