Studiował edukację muzyczną na Uniwersytecie Muzycznym Johannesa Gutenberga w Moguncji, uzyskując dyplom ze śpiewu oraz dyrygentury chóralnej i orkiestrowej. Oprócz wieloletniego nauczania na Uniwersytecie Muzycznym i Collegium Musicum Uniwersytetu Johannesa Gutenberga w Moguncji był wykładowcą dyrygentury chóralnej i kształcenia wokalnego na licznych festiwalach.

Był zatrudniony jako dyrektor chóru i dyrygent w Stadttheater Gießen od sierpnia 1998 do lipca 2023 roku, a od sezonu 2015/16 pełnił funkcję zastępcy głównego dyrektora muzycznego. W sezonie 2019/20 Jan Hoffmann objął tymczasowo stanowisko głównego dyrektora chóru w Semperoper w Dreźnie. W lipcu 2021 roku został mianowany pierwszym gościnnym dyrygentem i zastępcą dyrektora artystycznego EuropaChorAkademie Görlitz obok prof. Josharda Dausa, którego stanowisko przejął w całości po jego śmierci. Oprócz dyrygentury jest także odpowiedzialny za kształcenie chórzystów. Podczas koncertów inauguracyjnych dyrygował m.in. IX symfonią Beethovena i Fantazją chóralną na Seebühne w Görlitz we współpracy ze Staatskapelle Halle. Od sezonu 2024/25 Jan Hoffmann objął stanowisko pierwszego dyrektora chóru w Semperoper w Dreźnie.