Ośrodek Studiów Franciszkańskich Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie został powołany przez Senat Papieskiej Akademii Teologicznej (dziś UPJPII) w Krakowie w dniu 21 maja 2003 roku.

• głębsze poznanie i promowanie szeroko rozumianej kultury franciszkańskiej, która obejmuje filozofię, teologię, duchowość, wyrosłe w ciągu wieków z charyzmatu św. Franciszka i jego naśladowców,
• odnajdywanie metod inspirowania duchem franciszkańskim porządku spraw doczesnych, np. przez różnego rodzaju badania i publikacje,
• formowanie studentów do głębszego życia charyzmatem franciszkańskim, który będzie uwzględniał aktualne potrzeby duszpasterstwa i apostolatu Kościoła lokalnego,
  
• przygotowanie kandydatów do podejmowania dalszej specjalizacji dydaktyczno-naukowej.

• prowadzenie studiów podyplomowych z franciszkanizmu,
• działalność naukowo-wydawniczą,
• organizowanie sympozjów, konferencji, sesji naukowych.