Rozpoczynając Mszę św., rektor Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie ks. prof. dr hab. Robert Tyrała, który przewodniczył Eucharystii, powiedział, że wspólnota Uniwersytetu Papieskiego modli się, prosząc o wstawiennictwo św. Stanisława, za kardynałów o światło Ducha Świętego dla nich na czas zbliżającego się konklawe.

W homilii ks. prof. Robert Tyrała, odwołując się do postaci św. Szczepana i słów Jezusa z Ewangelii, podkreślił, że Bóg wspiera tych, których posyła – obdarza ich mądrością, łaską i duchową siłą. Zachęcał, aby wierzyć w Jezusa Chrystusa jako Tego, którego Bóg posłał. „Bóg jest z tym, kogo posyła w swoim imieniu. To On daje siłę i moc swojemu ludowi. On daje siłę duchową człowiekowi, którego wybiera do wypełnienia zadania jakie mu powierza. Mamy jedynie wierzyć w tego, którego Bóg posłał – Jezusa Chrystusa” – mówił ks. Robert Tyrała. Nawiązał także do kontekstu zbliżającego się konklawe w Rzymie, podkreślając aktualność Bożego wezwania do wiary.

Następnie kaznodzieja ukazał św. Stanisława jako wzór pasterza wiernego misji głoszenia Ewangelii aż po męczeńską śmierć. Jego ofiara była nie tylko świadectwem wiary, ale też początkiem duchowego odrodzenia i fundamentem Kościoła w Polsce. Zacytował też Karola Wojtyłę, który widział w męczeństwie św. Stanisława moc przemieniającą naród. „Myślał może Stanisław: słowo moje zaboli ciebie i nawróci, przyjdziesz do bram katedry jak pokutnik, przyjdziesz postem wycieńczony, prześwietlony wewnętrznym głosem... i dołączysz do Stołu Pańskiego jak marnotrawny syn. Słowo nie nawróciło, nawróci krew (...). Dobry Pasterz oddał swoje życie za wiarę i stał się jak ziarno wrzucone w ziemię, które wydało plon stokrotny. Na jego błogosławionej śmierci Bóg zbudował i umocnił Kościół w Krakowie i w Polsce” – powiedział ks. Rektor.

Na zakończenie ks. Robert Tyrała wezwał wiernych do odwagi i ufności w codziennym naśladowaniu Chrystusa. Podkreślił, że choć jesteśmy słabi, Bóg nas nie opuszcza, lecz karmi, umacnia i prowadzi. Zachęcał do całkowitego zaufania Bogu, wiary w zmartwychwstanie oraz do czerpania wzoru z życia i umacniania się w tak mocnej wierze jaką miało wielu przed nami: św. Stanisław Biskup i Męczennik, św. Jan Paweł II, czy wspominany tego dnia św. Stanisław Kazimierczyk. [PEŁNY TEKST HOMILII]

Proboszcz parafii katedralnej ks. dr Paweł Baran złożył podziękowania społeczności akademickiej Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie, która modliła się podczas tej uroczystości w katedrze wawelskiej. Zwrócił też uwagę, że wyśpiewany w czasie liturgii hymn Gaude Mater Polonia, tradycyjnie wykonywany na inaugurację roku akademickiego, został skomponowany na uroczystość kanonizacyjną św. Stanisława Biskupa Męczennika, która odbyła się w Asyżu.

Proboszcz podziękował także przedstawicielom Małopolskiego Cechu Zdunów, którzy przybyli na nowennę przed uroczystością św. Stanisława chcąc uczcić także swojego patrona, św. Floriana. Ks. Paweł Baran zwrócił uwagę, że w katedrze znajdują się doczesne szczątki  św. Floriana. Przywieziono je na Wawel w XII w. i zostały złożone w ołtarzu wybudowanym na grobie biskupa Stanisława, zanim został kanonizowany.

Po litanii odmówiono modlitwę o dobry wybór papieża. Udzielono też błogosławieństwa relikwiami św. Stanisława Biskupa i Męczennika.

Liturgii towarzyszył uniwersytecki chór "Psalmodia" pod kierownictwem prof. Włodzimierza Siedlika i muzyka organowa w wykonaniu prof. Witolda Zalewskiego (UPJPII) oraz Marka Pawełka (UPJPII).