Urodził się 21 sierpnia 1967 r. w Inowrocławiu. Szkołę podstawową i średnią ukończył w Zabrzu. Niemal całą formację akademicką związał z Krakowem. Studia magisterskie (1990–1995) i licencjacko-doktoranckie (1995–1998) odbył na Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. Promotorem tych prac był ks. prof. Jan Kracik, któremu zawdzięcza postrzeganie historii jako sekwencji kolejnych powiązanych ze sobą wydarzeń, tak w perspektywie epoki (ludzie, zjawiska, kultura, religia), jak i następujących po sobie cyklach dziejowych (syntezy zjawisk kulturowo-społeczno-religijnych).

Od 1998 roku pracuje na Uniwersytecie Papieskim Jana Pawła II w Krakowie (wcześniej Papieskiej Akademii Teologicznej). W tym okresie napisał kilka książek, kilkadziesiąt artykułów naukowych (patrz: ORCID: 0000-0003-0983-4864), zorganizował ponad dwadzieścia konferencji naukowych, w tym pięć międzynarodowych. Uczestniczył w kilku stażach naukowych, także zagranicznych, był stypendystą Fundacji Lanckorońskich, odbył również specjalistyczne studia z archeologii chrześcijańskiej w Rzymie (Istituto di Archeologia Cristiana) 1999/2000.

W 2003 r. obronił doktorat na podstawie pracy „Kształtowanie się przedstawień chrystologicznych jako świadectwo przemian ideowych w Kościele III i IV wieku”, pod kierunkiem o. prof. dr. hab. Józefa Benignusa Wanata.

Stopień doktora habilitowanego uzyskał w 2017 r. na podstawie pracy: „Święty Józef Bilczewski badacz starożytności chrześcijańskiej i jego interdyscyplinarna metoda w świetle nieznanych materiałów źródłowych z lat 1885–1900”.

Jak mówi, z powołania jest mężem i ojcem, a z zamiłowania historykiem. Miłośnik antyku chrześcijańskiego, odczytywania tożsamości kulturowej Kościoła zawartej w słowie, obrazie, materii. Kierunek badań naukowych dr. hab. Józefa C. Kałużnego związany jest z szeroko rozumianą kulturą wczesnochrześcijańską i koncentruje się wokół zagadnień związanych z materialnym i duchowym dziedzictwem Kościoła starożytnego. Profesor w Instytucie Historii, w Katedrze Historii Starożytnej i Średniowiecznej Uniwersytetu Jana Pawła II w Krakowie. Członek Komisji Historycznej PAN oraz Polskiego Towarzystwa Teologicznego w Krakowie. Twórca i redaktor naczelny serii wydawniczej „Starożytność chrześcijańska. Materiały zebrane”. Współtwórca kilku interdyscyplinarnych projektów wpisujących się w szeroko rozumiany krąg badań nad dziedzictwem chrześcijańskim Europy.

1. Prodziekan Wydziału Historii i Dziedzictwa Kulturowego (do 30 IX 2019).
2. Kierownik kierunku historia (2022–2024).
3. Kierownik Zespołu ds. Promocji WHiDK (2018–2022).
4. Kierownik międzynarodowego projektu interdyscyplinarnego „Akademia Kulinarna w Krakowie” (od 2019).

1. Nagroda Rektora UPJPII za osiągnięcia naukowo-dydaktyczne i organizacyjne na rzecz Uniwersytetu: 2005, 2007, 2012, 2017, 2022, 2024.
2. Medal Srebrny za Długoletnią Służbę przyznany przez Prezydenta Rzeczpospolitej Polskiej Andrzeja Dudę, 5 września 2019 (nr 367-2019-15).
3. Dwukrotnie wyróżniony w warszawskim Studium Dominicanum w kategorii Illuminatio za najbardziej inspirujący wykład w roku akademickim 2020/2021, 19 czerwca 2021 oraz 2022/2023, 24 czerwca 2023.